La participación de las Comunidades Autónomas en el Consejo de Ministros de la Unión Europea ha tenido lugar mediante un proceso de carácter progresivo y gradual que se inició con la adopción en 1994 del “Acuerdo sobre Participación Interna de las Comunidades Autónomas en los asuntos comunitarios europeos a través de las Conferencias Sectoriales”. Con este Acuerdo, que marcó el inicio de la participación activa de las Comunidades Autónomas, se reconoció el derecho de las mismas a participar en la propia formación de la voluntad estatal ante las instituciones europeas. Hasta ese momento las Comunidades Autónomas únicamente participaban de una forma más pasiva, limitando su papel a la ejecución del Derecho comunitario.
El 9 de diciembre de 2004, la Conferencia para Asuntos Relacionados con la Unión Europea (CARUE) adoptó el Acuerdo que, definitivamente, permitió a las Comunidades Autónomas la participación activa en las cuatro formaciones del Consejo de la Unión Europea cuya actividad se relaciona de forma más significativa con sus competencias internas, en concreto, los Consejos de Ministros de:
- Empleo, Política Social, Sanidad y Consumidores
- Agricultura y Pesca
- Medio Ambiente
- Educación, Juventud y Cultura.
Este Acuerdo del 9 de diciembre de 2004 ha sido modificado posteriormente en tres ocasiones: la primera modificación, del 2 de julio de 2009, tuvo por objeto extender la participación autonómica a una quinta formación: Competitividad-temas de consumo, dado que, aunque la participación autonómica para temas de consumo ya se producía desde 2004, en la práctica estos temas se debatían en el Consejo de Competitividad. La segunda, de 15 de abril de 2010, amplió la participación autonómica dentro del Consejo de Competitividad, para temas relativos a la ordenación del juego. La tercera modificación se consumó el 7 de febrero de 2011, ampliándose la participación autonómica dentro de la formación del Consejo de Educación, Juventud, Cultura y Deporte, para extenderlo a temas de deporte.
El sistema de representación autonómica se articula mediante la incorporación a la Delegación española de un miembro, con rango de Consejero, o miembro de un Consejo de un Gobierno autonómico, que representa al conjunto de las Comunidades en los asuntos que afectan a sus competencias.
El Pleno de las Conferencias Sectoriales concernidas, en función de los asuntos a tratar, designa al representante autonómico, asegurando tanto la estabilidad, como una adecuada rotación de los representantes propuestos por las distintas Comunidades Autónomas. El representante autonómico es miembro de pleno derecho de la Delegación española, a todos los efectos, pudiendo solicitar el uso de la palabra cuando se debatan cuestiones que afectan a las competencias autonómicas y exista una posición común autonómica.
En el ámbito de Castilla-La Mancha, la Dirección General de Asuntos Europeos, con competencia para coordinar los asuntos europeos en el Gobierno regional, proporciona asistencia a las consejerías competentes en el desarrollo de sus funciones de participación, cuando deban intervenir en las reuniones del Consejo y sus grupos de trabajo.